تمیز کردن باید قبل از همه مراحل ضدعفونی و استریل کردن باشد. تمیز کردن شامل از بین بردن آلودگیها (آلی یا غیر آلی) از یک ابزار یا دستگاه است. اگر آلودگی های قابل مشاهده برداشته نشوند، با غیر فعال کردن میکروبی تداخل می یابد و می تواند فرآیند ضد عفونی یا استریل کردن را به خطر اندازد. آلودگی های موجود بر روی ابزارآلات را می توان با استفاده از ابزار شست و شوی دستی، مواد شوینده، آب و یا با استفاده از تجهیزات خودکار (به عنوان مثال دستگاه تمیزکننده اولتراسونیک و دستگاه های شوینده و ضد عفونی کننده) و مواد شیمیایی از ابزار جدا کرد. پس از تمیز کردن، ابزارآلات باید با آب شسته شوند تا مواد شیمیایی یا مواد شوینده از بین بروند.
شرکت روشن رای سپاهان انواعی از نشانگرهای پایش و ارزیابی فرآیند شست وشو از جمله سونو چک را طراحی و ارائه کرده است.
