عملکرد صحیح چرخه استریل کردن باید برای هر نوبتی که چرخه استفاده می¬شود ارزیابی شود. درمورد فرآیند¬های بخار، توصیه می¬شود حداقل در هر سیلکل از سه نشانگر زیستی، با حداقل فرکانس یک کنترل در هر سه سیکل استفاده شود. برای اتیلن اکساید توصیه می¬شود حداقل در هر چرخه دو شاخص بیولوژیکی وجود داشته باشد. در مورد گرمای خشک، توصیه می¬شود حداقل در هر چرخه سه نشاگر بیولوژیکی، با حداقل فرکانس یک کنترل در هر سه چرخه داشته باشید. توجه به این نکته ضروری است که هر بار که نشانگر¬های بیولوژیک فرآوری شده انکوبه می¬شوند، نشانگری که تحت فرآیند استرلیزاسیون قرار نگرفته است نیز به منظور حصول اطمینان از شریط مطلوب رشد در کل چرخه استریل کردن نیز باید مورد استفاده قرار بگیرد.

همچنین شایان ذکر است که هرچه از شاخص های بیولوژیکی بیشتر در یک فرآیند استفاده می شود ، عملکرد چرخه قابل اطمینان تر خواهد شد.

علاوه بر کنترل¬های معمول، در موارد زیر باید شاخص¬های بیولوژیکی را نیز استفاده کنید:

•    مواد بسته بندی جدید استفاده شود.

•    بعد از آموزش کارکنان جدید

•    بعد از ترمیم دستگاه استریلایزر

•    پس از هر گونه تغییر در طول فرآیند بارگذاری دستگاه استریلایزر